エタノールは揮発しやすく、残りにくいため、速乾性で便利に使われています。しかし、速乾性が故に、対象物表面に付着したエタノールは、急激に濃度が低下します。そして濃度が低下するということは効果が弱まり、一部の菌、ウイルスに有効性を発揮できない場合が多々あります。しかも、汗などの水分が存在すると、これも濃度低下の原因となり、効果が弱まってしまいます。

一般的に、ウイルス対策としては、200 ppm以上の濃度で、ドアノブや調理器具機材類、調理施設や厨房など一般施設の清掃時の殺菌、除菌、消毒等に清拭や浸漬で用いられています。 なお、ノンエンベロープウイルス対策としては500 ppm以上、糞便や嘔吐物を含むウイルス対策には1,000 ppm以上、場合によっては5,000 ppm以上での処理が必要になります。

次亜塩素酸ナトリウムは、処理時の刺激臭と、処理後のタンパク質や脂質との反応臭（残臭）の酷さによって作業環境が劣悪化するため、現場での使用を避けられている大きな原因の一つになっています。

次亜塩素酸水は、前述のとおり、生成装置が必要であり、かつ流水状態いわゆるかけ流し、もしくはオーバーフローで使用することが推奨されています。 また、ボトリングしたものは、長期保存することも出来ません。従いまして、事前に作り置きやボトリングしたものを、現場で持ち運んで（キャリング）使用する薬剤としては、不向きであると言わざるを得ません。